En una region helada, un meteoro del espacio se estrella en la Tierra y de este emerge un Pokémon, pero aparece Rayquaza y hacen un desastre después de su gran batalla. Cuatro años después Ash, Pikachu y sus amigos llegan a la ciudad de Larousse, con el proposito de combatir en la Torre de Batalla. Ash conoce a un jovencito llamado Tory, el cual estubo en la batalla de Deoxys anteriormente, asi que ha tenido miedo a los Pokémon desde entonces y Ash decide ayudarlo con su problema.